Ursache einer Milchzuckerunverträglichkeit (Laktoseintoleranz) ist ein Mangel an dem Verdauungsenzym Laktase. Sehr selten ist der Laktasemangel angeboren, dann bestehen schon im Säuglings- und Kleinkindalter Bauchkrämpfe, Blähungen, Durchfall und Gedeihstörungen. Meistens liegt ein Laktasemangel mit spätem Beginn vor. In diesen Fällen werden Milch und Milchprodukte in der Kindheit und frühen Jugend vertragen, erst im späten Jugendalter / jungen Erwachsenenalter oder noch später treten Anzeichen einer Unverträglichkeit auf. Die Laktaseaktivität nimmt nach dem 5. Lebensjahr allmählich ab und sinkt im Erwachsenenalter bis auf ein 1/10 ab. In Deutschland kann etwa jeder 5. - 10. Erwachsene Milchzucker nicht vertragen.
Ein vorübergehender, erworbener Laktasemangel kann auch nach schweren bakteriellen oder viralen Magen-Darm-Infekten auftreten, z.B. nach einem fieberhaften Reisedurchfall. Wenn die geschädigten Dünndarmzotten sich nach einiger Zeit wieder erholt haben, können Milch-produkte wieder gegessen und Milch wieder getrunken werden.
Generell gilt, dass ältere Menschen Milchzucker schlechter vertragen als jüngere Menschen. Menschen, die selten Milch trinken und Milchprodukte essen, vertragen Milchzucker schlechter als Menschen, die diese Lebensmittel regelmäßig essen und trinken.